新冠肺炎病毒變異毒株陸續在多個國家出現，變異毒株傳染力更強、更快速，對於目前已開始施打的新冠疫苗防護力恐不足，政府儘管以國際採購、國內自製新冠疫苗雙軌策略進行，但國際疫苗面臨變異毒株挑戰，採購計畫不確定因素升高，因此需強化國內疫苗自製速度，力拚今年中從現階段的賣方市場轉為買方市場。
據世界衛生組織 (WHO) 發布報告指出，共有 4 種新冠病毒突變種在全球傳播，部分病毒株的傳染力確實有增強的情況，但尚未有證據顯示會加劇感染者症狀，事實上早在去年初就已經出現變異毒株；台灣則是隨著境外移入確診者增加、醫院爆發群聚感染後，陸續驗出變異毒株。
在變異毒株尚未擴大前，約有 5 家國際藥廠開發的新冠疫苗陸續在多個國家啟動施打，包括美國莫德納 (Moderna)、美國輝瑞藥廠 (Pfizer) 與德國生技公司 BioNTech、英國阿斯特捷利康 (AZ) 與牛津大學、中國科興生技 (Sinovac Biotech)、莫斯科加馬利亞研究所 (Gamaleya Institute) 等。
雖然新冠肺炎病毒變異毒株，還未有數據顯示會讓病患狀況更嚴重，但傳染性較過去病毒強 70% 以上，市面上的新冠疫苗保護效力也備受挑戰，其中輝瑞與 BNT 合作開發的疫苗效力最好達 95%，中國科興生技效力最低僅 50.34%，業者認為，新冠疫苗是否能抵抗變異毒株尚無法得知，且免疫力持續時間仍是未知數，短時間靠疫苗達到群體免疫仍有難度。
台灣採取參與 COVAX 機制的國際投資、逕洽廠商購買及國內自製等多元方案進行，但 COVAX 機制可能被分配到中國製疫苗，在台灣法規不允許情況下，僅剩國際採購與國內自製方案，但現階段仍屬於賣方市場，政府採購國際疫苗不確定因素也增高。
因應變異毒株來襲，國內疫苗廠加快臨床試驗腳步，其中高端疫苗研發進度較快，已啟動二期臨床試驗收案，預計收案逾 3700 人拚 3 個月內完成，今年中執行期間分析、申請台灣 TFDA 緊急使用授權 (EUA)；另外，預計本月底會再有一家疫苗廠有條件通過臨床試驗，若疫苗廠今年中順利拿到 EUA 並量產上市，有望把賣方市場轉為買方市場。
