國內疫情未見緩解跡象，全國防疫三級警戒將延長至 6 月 28 日，由於時間點逼近綜所稅申報截止日，讓財政部為了各地國稅局「關閉臨櫃服務是否跟進延長」陷入兩難，至今仍持續評估研議。
考量疫情嚴峻，財政部除比照去年延長報稅期限至 6 月 30 日截止，更因應全國防疫三級警戒，宣布取消全國國稅局的臨櫃報稅服務直到 6 月 14 日，以降低群聚感染風險。
但隨著三級警戒將延長至 6 月 28 日，距離 109 年綜所稅申報截止日只剩兩天，如果比照先前三級警戒延長，繼續關閉國稅局臨櫃服務至 28 日，屆時可能影響後續作業程序。
但如果開放臨櫃服務，又擔心在國內疫情嚴峻時刻，可能造成報稅民眾湧入國稅局造成群聚，恐不利於防疫作業，讓財政部頓時對於是否延後開放臨櫃服務，或是照原訂計畫，在 6 月 15 日重啟臨櫃服務陷入兩難。
在網路與手機報稅兩大線上服務助攻下，根據財政部統計，截至 6 月 7 日為止，已有 451.4 萬戶完成綜所稅申報，換算約 7 成民眾已完成綜所稅申報。
