國內防疫三級警報延長至 6 月 28 日，財政部幾經思考後，考量部分民眾仍有臨櫃報稅需求，因此決定 6 月 15 日恢復提供臨櫃報稅服務，但也呼籲，請民眾儘可能在家先以網路或試算服務申報，降低人流移動風險。
本土疫情持續緊繃，財政部先前因應中央流行疫情指揮中心的三級防疫警戒，暫停全台國稅局、稅捐稽徵處等臨櫃報稅服務至 6 月 14 日，日前指揮中心宣布延長三級警戒至 6 月 28 日，讓財政部陷入「暫停臨櫃服務」是否跟進延長的兩難。
考量部分民眾仍有臨櫃報稅需求，以及後續作業流程，財政部最後決議，如期在 6 月 15 日開放各區國稅局、稅捐稽徵處的臨櫃報稅服務。
而因應即將到來的臨櫃報稅服務，各地區國稅局也著手規劃高規格的防疫措施，除了全程佩戴口罩外，也會採線上取號與預約申報制度，以分散人流控管，同時也會針對來訪民眾量測體溫，酒精消毒、室內並有隔板、維持社交距離及人流控管，落實防疫措。
根據財政部統計，截至 6 日為止，109 年度綜合所得稅結算申報已完成 451.37 萬件 (其中採網路及稅額試算申報件數比率 99.5%)，以去年總申報件數 638.62 萬件計算，完成申報比率為 71%。
另外，109 年度營利事業所得稅結算申報已完成 77.79 萬件 (其中採網路申報件數比率 99.99%)，以去年總申報件數 96.12 萬件計算，完成申報比率為 81%，顯示疫情期間，網路報稅仍是較好的申報方式
進一步觀察，在 5 月 15 日到 6 月 6 日疫情警戒第三級期間，也有 140 萬件完成綜所稅申報。
財政部補充，民眾如果受疫情影響而有繳稅困難者，可到「財政部稅務入口網」申請延期或分期繳稅，其延期期限及分期期數，不受應納稅額金額多寡限制，最長可延期 1 年，分期 3 年 (36 期)。
